Measurement date December 09, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-03
Digitized points 44 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels None
EOG channels EOG061, EOG062
ECG channels ECG063
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-03_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration 00:04:34 (HH:MM:SS)
PSD
Measurement date December 09, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-emptyroom
Digitized points 44 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels None
EOG channels Not available
ECG channels Not available
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-03_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration 00:02:05 (HH:MM:SS)
PSD
Events
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline off
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
1 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
2 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
3 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
4 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
5 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
6 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
7 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
8 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
9 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
10 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
11 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
12 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
13 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
14 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
15 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
16 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
17 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
18 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
22 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
23 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
24 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
25 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
26 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
27 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
28 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
29 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
30 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
31 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
32 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
33 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
34 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
35 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
36 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
37 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
38 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
39 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
40 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
41 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
42 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
43 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
44 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
45 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
46 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
47 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
48 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
49 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
50 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
51 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
52 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
53 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
54 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
55 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
56 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
59 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
60 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
61 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
62 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
63 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
64 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
65 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
66 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
67 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
68 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
71 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
72 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
73 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
74 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
75 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
76 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
80 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
81 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
82 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
83 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
84 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
85 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
86 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
87 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
88 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
89 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
90 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
91 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
92 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
93 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
94 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
95 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
96 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
97 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
98 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
101 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
102 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
103 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
104 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
105 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
106 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
107 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
110 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
111 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
112 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
113 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
114 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
119 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Method picard
Fit 396 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components 63
Explained variance 99.0 %
Available PCA components 306
Channel types mag, grad
ICA components marked for exclusion ICA007
ICA012
ICA047
Original and cleaned signal
ICA component topographies
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline -0.200 – 0.000 sec
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
1 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
2 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
3 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
4 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
5 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
6 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
7 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
8 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
9 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
10 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
11 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
12 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
13 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
14 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
15 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
16 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
17 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
18 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
22 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
23 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
24 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
25 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
26 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
27 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
28 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
29 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
30 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
31 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
32 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
33 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
34 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
35 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
36 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
37 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
38 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
39 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
40 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
41 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
42 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
43 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
44 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
45 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
46 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
47 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
48 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
49 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
50 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
51 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
52 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
53 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
54 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
55 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
56 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
59 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
60 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
61 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
62 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
63 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
64 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
65 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
66 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
67 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
68 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
71 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
72 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
73 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
74 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
75 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
76 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
80 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
81 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
82 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
83 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
84 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
85 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
86 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
87 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
88 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
89 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
90 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
91 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
92 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
93 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
94 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
95 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
96 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
97 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
98 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
101 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
102 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
103 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
104 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
105 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
106 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
107 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
110 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
111 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
112 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
113 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
114 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
119 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Full-epochs Decoding
Each black dot represents the single cross-validation score. The red cross is the mean of all cross-validation scores. The dashed line is expected chance performance.
Decoding performance over time
Time-by-time decoding: 60 × incoherent ./. 60 × coherent
Sensor alignment
Average distance from 35 digitized points to head: 3.56 mm
Covariance matrix
Singular values
  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found